有自体免疫疾病或有血栓形成体质和习惯性流产有关是不争的事实，但和胚胎重复着床失败是否有关联，目前还没有定论。像抗磷脂类综合征是一种自体免疫反应疾病，即自身的免疫细胞对身体细胞膜或任何微小器官上的膜磷类化学物质产生抗体，然后经由抗原抗体反应破坏细胞组织。抗磷脂类综合征和习惯性流产有关，但与胚胎着床失败的关系则有待确定。
子宫腔持续积水
输卵管水肿及不通会造成子宫腔积水，这是因为输卵管的积水因输卵管伞部(尾端)阻塞，造成输卵管内的积水往子宫腔流之故。持续性的子宫腔积水会造成胚胎着床失败。但多囊性卵巢症患者她们在接受排卵药物刺激之后，偶尔也会引起子宫腔积水，但不会造成着床不易(失败)的问题。
子宫内膜比较薄
曾经因流产做过子宫搔刮术、月经不正常(持续月经来潮)或血液循环不好，都会造成子宫内膜薄。
子宫构造异常
如子宫先天发育畸形(双角子宫、子宫腔有中隔)、子宫内膜息肉、子宫内膜炎和子宫腔内肌瘤。广州耿哥提醒子宫肌瘤如果是长在子宫肌层，离子宫腔内膜一公分以上，并且肌瘤大小不超过5公分则不会影响试管婴儿助运的怀孕率。
子宫内膜细胞
像一种蛋白质称ανβ3，在胚胎着床期(排卵后六天)前后，子宫内膜细胞会制造并释出。如果在胚胎着床期，这种蛋白质制造或释出少，会引起胚胎着床失败。细胞素，像间白素1β(Interleukin(IL)-1β)太高或干扰素-γ(Interferon-γ)太低也会引起胚胎着床失败。
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